军工保密二级资质认证标准确实有所更新，并且更加严格，以更好地保障国家安全。新的标准主要涉及以下几个方面：

1. 保密责任：企业应建立并维护一套完整的保密责任体系，明确各级领导和员工的保密责任。保密工作应纳入企业的日常管理，并与业务工作同计划、同部署、同检查、同总结、同奖惩。
2. 保密制度：企业应制定并执行一系列严格的保密制度，包括涉密人员管理、涉密载体管理、涉密信息系统管理等。这些制度应覆盖涉密业务的各个方面，国家秘密的安全。
3. 保密宣传教育：企业应定期开展保密宣传教育活动，提高全体员工的保密意识和技能。保密宣传教育的内容应包括保密法律法规、保密规章制度、保密知识技能等。
4. 保密检查：企业应定期进行保密检查，评估保密工作的有效性，及时发现和纠正存在的问题。保密检查应包括对涉密载体、涉密信息系统、涉密人员等方面的检查。
5. 保密技术防护：企业应采取有效的保密技术防护措施，包括加密技术、防火墙技术、入侵检测技术等，国家秘密的安全。
6. 保密管理机构和人员：企业应设立专门的保密管理机构，配备足够的专职或兼职保密管理人员。这些人员应经过专门培训，具备相应的专业知识和技能。
7. 合作单位管理：企业应对合作单位进行有效的保密管理，明确合作单位的保密责任和要求，合作过程中不泄露国家秘密。
8. 泄密事件处理：企业应建立完善的泄密事件处理机制，一旦发现泄密事件，应立即采取补救措施，并向有关部门报告。

总的来说，新的军工保密二级资质认证标准在多个方面都提出了更严格的要求，以保障国家秘密的安全。