保密室配置升级以应对网络攻击的新挑战，可以采取以下措施：

1. 强化网络安全防护：采用的防火墙、入侵检测系统和防病毒软件等，保密室的网络系统安全。
2. 数据加密：对重要数据进行加密处理，数据在传输和存储过程中的安全性。
3. 访问控制：建立完善的访问控制机制，限制非授权人员访问保密室网络和数据。
4. 漏洞管理：定期对保密室网络系统进行漏洞扫描和评估，及时发现和修复潜在的安全隐患。
5. 应急响应：建立应急响应机制，制定详细的应急预案，在发生网络攻击时能够迅速响应并采取有效措施。
6. 员工培训：加强员工网络安全培训，提高员工网络安全意识和技能水平，减少人为因素对网络安全的影响。
7. 物理安全：加强保密室物理环境的安全防护，如安装门禁系统、监控摄像头等，防止未经授权的人员进入保密室。
8. 定期审计：定期对保密室网络系统和数据进行审计，网络和数据的安全性和完整性。

通过以上措施的实施，可以进一步提高保密室的安全性，有效应对网络攻击的新挑战。