涉密系统集成企业在进行技术创新和知识产权保护时，应注重以下几点：

1. 加强技术研发：企业应注重技术研发，不断提升技术水平和创新能力，保持技术地位。
2. 申请保护：企业应对其技术创新成果申请保护，以其技术成果的独占性和排他性。
3. 建立保密制度：企业应建立完善的保密制度，对涉密信息进行严格的管理和保护，防止泄密事件的发生。
4. 加强员工培训：企业应加强对员工的保密意识和知识产权保护意识的培训，提高员工的保密意识和知识产权保护能力。
5. 合作与共享：企业可以与其他企业或机构进行合作，共同研发新技术、新产品，实现技术共享和知识产权的互利共赢。
6. 应对侵权行为：一旦发现侵权行为，企业应积采取法律手段进行维权，保护自身的合法权益。

总之，涉密系统集成企业在技术创新和知识产权保护方面应注重技术研发、申请、保密制度建立、员工培训、合作与共享以及应对侵权行为等方面的工作，以企业的技术地位和知识产权安全。