涉密系统集成资质认证确实可以推动企业加强内部治理和规范运作水平的提升。以下是几个方面的具体表现：

1. 提高企业涉密系统安全能力：涉密系统集成资质认证要求企业建立完善的保密制度，健全保密组织，配备专门人员负责保密工作，用于涉密信息系统集成业务的场所、设施、设备符合国家保密规定和标准。这些措施将有助于提高企业的涉密系统安全能力，保护企业机密信息不被泄露。
2. 加强企业内部治理：申请涉密系统集成资质的企业需要满足一系列基础条件，如依法成立三年以上、无犯罪记录、具有从事涉密集成业务的专业能力等。这些条件将促使企业在内部治理方面进行自我完善和提升，以满足资质认证的要求。
3. 提升企业市场竞争力：涉密系统集成资质认证是企业从事涉密系统业务的“护照”，取得该资质认证将有助于企业在市场竞争中脱颖而出。同时，资质认证也可以增强企业的市场信誉和品牌形象，提高企业的市场竞争力。
4. 规范企业运作：涉密系统集成资质认证要求企业在保密行政管理部门许可的业务种类范围内承接涉密集成业务，不得承接所咨询、监理业务的其他涉密集成业务。这将促使企业在业务运作方面更加规范，遵守相关法律法规和行业规定。

综上所述，涉密系统集成资质认证可以推动企业加强内部治理和规范运作水平的提升，提高企业的涉密系统安全能力和市场竞争力，为企业的发展提供有力保障。